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Dipende molto dal sistema particolare usato. Alcuni sistemi sono progettati per analizzare campioni relativamente grandi (ma non parliamo di mattoni, al massimo possiamo analizzare un campione con altezza <2cm e diametro <5cm). Questi sono tipicamente modelli di AFM invertiti, cioè l'intero sistema si trova sopra al campione. Questo permette di lavorare con campioni più grandi.
In questi casi, dipende tutto dalle specifiche del portacampioni. Normalmente, tali microscopi possono fare scansioni anche senza portacampioni, per cui non ci sono quasi limitazioni nelle dimensioni del campione, ma bisogna ricordare che questo deve essere piatto).

I microscopi a scansione sono progettati per piccoli campioni. Ricordatevi che la microscopia a forza atomica è una tecnica ad altissima risoluzione, poco adatta a campioni molto grandi. Inoltre, normalmente viene fatta la scansione di un'area molto piccola (meno di 100 micrometri x 100 micrometri), per cui ha poco senso avere un campione molto grande.