Oltre alla letteratura, tutti gli AFM vengono forniti con un manuale o una guida utente che vi guida attraverso le basi della scansione. Spesso, insieme agli strumenti c'è anche un campione standard, come una griglia di silicio, e il manuale ha un tutorial che mostra come fare una scansione di questo campione. Questo campione è anche molto utile per vedere come i diversi parametri influiscono sui risultati che ottenete.

Non c'è una formula magica per ottimizzare le condizioni di ripresa di un immagine AFM. Se guardate gli esperti, vedrete che ciascuno di loro fa le cose in modo leggermente diverso, anche sullo stesso microscopio, e i vari AFM hanno necessità completamente diverse, per cui non è possibile descrivere in dettaglio qui l'utilizzo di un AFM. Leggete il manuale, fate scansioni del campione standard e fate pratica. L'ottimizzazione dei parametri di feedback è descritta nella domanda 18.