Le polveri secche sono un problema per l'AFM. Se le particelle sono mobili su una superficie, probabilmente si muoveranno quando vengono colpite dalla punta dell'AFM. Normalmente, risospenderle in acqua, per poi disperderle su una foglia di mica appena staccata, prima di asciugarle a fondo, permette di fissare le particelle alla superficie.
Un'altra possibile tecnica di fissaggio è quella di fissarle a una membrana, ma anche di disperderle su una colla che poi viene fatta seccare o anche bruciarle (per i batteri).