Si. Questo è uno dei vantaggi principali dell'AFM, il fatto che può essere usato sottovuoto, in aria o in ambiente liquido. Normalmente è necessaria una cella fluida. Gli AFM invertiti, per esempio, non ne hanno veramente bisogno e qualche volta è possibile semplicemente mettere una goccia di acqua sul campione e fare la scansione in quella. Normalmente viene usata acqua, o liquidi di buffer, ma si possono anche usare liquidi organici, a patto che non danneggino la cella fluida e possano essere mantenuti sul campione.